Au plan de l'organisation, la Franche-Comté compte à ce jour 9 maîtres de chien et 13 équipes réparties dans les spécialités, piste-défense, stupéfiants, armes/billets et recherche en produits accélérateurs d'incendie. Les maîtres de chien affectés au sein du groupe d'investigation cynophile, sauf deux maîtres d chien basés à Valdahon, disposent de deux chiens. Ceux affectés en PSIG disposent pour leur part d'un animal spécialisé piste-défense. Ils se situent à Vesoul, Lons-le-Saunier, Belfort et Montbéliard. Les chiens sont pour la plupart des bergers belges malinois.

Pour le bilan de l'année 2020, malgré la réduction de l'activité judiciaire pendant la période du confinement, les chiffres clefs sont les suivants :

• 143 interventions en appui d'interventions anti-délinquance (contrôle routier, gares…)
• 538 engagements sur des missions de prévention de la délinquance et de lutte contre les violences urbaines.
• 448 engagements pour des recherches administratives et judiciaires de personnes, dont 86 malfaiteurs.
• 1046 séances d’entraînements
• Découverte de 13 armes et de 364 munitions, d'environ 7 kg de cannabis, de 8 kg d'héroïne et de 3kgs de cocaïne.

Il est à noter que, excepté en 2020, en raison du contexte sanitaire, les équipes cynophiles de la Franche-Comté et des cantons francophones de la Suisse s'invitent respectivement à des stages de formation et d'entraînement communs, ce qui a permis de dresser les chiens à la découverte de Francs suisses ou d'élargir le panel des drogues détectées (drogues de synthèse notamment). L’arrivée prochaine de 2 nouvelles équipes cynophiles, un retour outre-mer et affectation d’un nouveau maître de chien va permettre de renforcer les effectifs. Par ailleurs, un maître de chien va changer de spécialité, abandonnant la recherche de produits accélérateurs d’incendie au profit de la recherche de personne avec un chien de race Saint-Hubert.